La secuenciación de genomas (todos los genes) consiste en determinar el orden concreto de los componentes del ADN o ARN que contienen la información hereditaria y las propiedades bioquímicas de cada individuo. En el caso de SARS-CoV-2 es útil para determinar los países o regiones de procedencia del virus, el número de linajes (variantes genéticas) que circulan en una región, la distribución geográfica de cada linaje y si alguno podría causar mayor o menor gravedad de COVID-19. Tres genomas secuenciados localmente han sido reportados a la plataforma GISAID y corresponden al linaje 20 B, uno de los más frecuentes en Europa.

En la actualidad, la secuenciación de genomas se obtiene a través de la tecnología genómica. Un campo multidisciplinario asociado al desarrollo de modernas tecnologías denominadas de secuenciación masiva (de nueva generación o de alto rendimiento), y al desarrollo de supercomputadores y la disciplina de bioinformática.

Existen varios métodos de secuenciación masiva, el INSPI se encuentra validando la tecnología de secuenciación de nanoporos, una de las más usadas para la secuenciación de SARS-CoV-2. En este método el ADN o ARN pasa a través de microporos, a medida que los traspasa se genera una señal eléctrica específica de acuerdo a la estructura química de cada uno de sus componentes, la señal eléctrica para cada componente de la molécula se registra secuencialmente en un computador.

El tamaño del genoma del SAR-CoV-2 es de aproximadamente 30.000 nucleótidos. Su secuenciación se realiza en fragmentos de 400 nucleótidos, que deben ser ordenados y ensamblados utilizando un genoma de referencia como plantilla, algo comparable a armar un rompecabezas. Este trabajo se lo hace con herramientas bioinformáticas. El equipo técnico del INSPI ha secuenciado y ensamblado los tres genomas reportados a GISAID.

Con la implementación de esta tecnología en la institución fortaleceremos investigaciones sobre epidemiología molecular y evolución de este virus en el país. Este trabajo inicial de validación tecnológica es una colaboración entre la Dirección de Investigación, Desarrollo e Innovación y el Centro de Referencia Nacional de Influenza y otros Virus Respiratorios.