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Centro de Referencia Nacional de Genómica, Secuenciación y Bioinformática (CRN-GENSBIO)

El CRN-GENSBIO fue creado el 31 de marzo del 2022 y es el Centro líder en Ecuador de vigilancia genómica para el monitoreo de cambios genéticos en patógenos.

Antecedentes

Creado mediante Resolución Nro. INSPI-DE-2022-0032-R el 31 de marzo del 2022. Este es un Centro transversal que se configuró como Centro de Referencia para interconectarse de forma transversal con los Centros de Referencia que existen por evento. Previamente, la Institución trató de crear el mismo Centro como una plataforma compartida, posteriormente como un Centro de Investigación y ninguno de estos intentos funcionó. El modelo de gestión del Centro como parte de los Centros de Referencia Nacionales, ha sido exitoso y actualmente se ha convertido en un centro líder de la secuenciación genómica en el país y región.

Misión: Realizar secuenciación genética y genómica en apoyo a las actividades de investigación y vigilancia de genotipos de agentes infecciosos, resistencia a fármacos, insecticidas y marcadores moleculares de importancia en salud pública, en articulación con los laboratorios que hacen esta actividad, contribuyendo a la implementación tecnológica y a estandarizar los flujos de análisis de secuencias, y protocolos bioinformáticos que garanticen la calidad y fiabilidad de los resultados.

Visión: Ser el laboratorio líder en la implementación de tecnologías de secuenciación genética y genómica, y en el desarrollo de protocolos de bioinformática de acuerdo con los estándares regionales e internacionales para la vigilancia genómica en el pais.

1.Genotipificación de virus, bacterias, parásitos, hongos, insectos y otros organismos biológicos de importancia en salud pública.        

Prueba especializada: Secuenciación masiva de regiones genéticas y genomas enteros de microorganismos de importancia en salud pública

2. Genotipificación para Determinación de genes de resistencia a fármacos  

Prueba especializada: Secuenciación masiva de regiones genéticas para la determinación de genes de resistencia a fármacos

3. Genotipificación de biomarcadores relacionados con enfermedades no transmisibles.      

Prueba especializada: Secuenciación de regiones genéticas para biomarcadores relacionados con ECNT

4. Detección metagenómica simultánea de todos los microorganismos

Prueba especializada: Secuenciación metagenómica

5. Ejecución de protocolos bioinformáticos para análisis genómicos y epidemiológicos de enfermedades.

Prueba especializada Procesamiento bioinformático de los productos de secuenciación,

6. Diseño y validación de oligonucleótidos (primers) para estudio molecular y/o genotipificación de enfermedades transmisibles y no transmisibles        

Prueba especializada: Programas para diseño y validación de primers.

  • María Gabriela Echeverría Garcés
    Ing. en Biotecnología.
    Máster en Bioinformática
  • Cristina Jeanneth Rodríguez Pólit
    Bióloga Molecular y Bioquímica.
    Máster en Salud Pública
    Máster Desarrollo Internacional y Paz.
  • Diana Stefanía Gutiérrez Pallo
    Ing. en Biotecnología.
    Máster en Microbiología
  • Internacionales Arbovirus Research Unit GISAID:  Red para ampliar la vigilancia genómica para una necesidad mundial urgente.
  • A2CARES: Centros Asiáticos-Americanos de Investigación y Vigilancia de Arbovirus (A2CARES) como parte del Centros de Investigación en Enfermedades Infecciosas Emergentes (CREID)
  • PHA4GE: Alianza de Salud Pública para la Epidemiología Genómica.
  • PAHOGen: Redes regionales de OPS para vigilancia genómica. 

Programas de Evaluación Externa de Calidad en Bioinformática

  • Detección y caracterización viral de patógenos como armas biológicas con secuenciación de ADN para reforzar a los laboratorios bioanaliticos de referencia (Arenaviruses) UNSGM Dry-Lab EQAE 4,2024- Otorgado por Robert Koch Institut -Alemania. Calificación (100%)
  • Análisis Bioinformáticos (Viruela Símica) UNSGM Dry-Lab EQAE 3,2023- Otorgado por Robert Koch Institut -Alemania. Calificación (86.2%)

 

  • “Project of febrile illness surveillance in the Andean and Amazon countries (PISAAC)”
  • “Genotyping of SARS-CoV-2 in Ecuador using genomic technology and correlation of genetic variants with mild, moderate and severe cases of COVID-19 in the city of Guayaquil”
  • Fondo de Solidaridad para Proyectos Innovadores, Sociedad Civil, Francofonía y Desarrollo Humano, cuyo cometido es el “Desarrollo de una red de vigilancia epidemiológica en América del Sur”.
  • “American and Asian Centers for Arboviral Research and Enhanced Surveillance” (A2CARES).
  • “Diversidad genética de Virus de Papiloma Humano de Alto Riesgo en lesiones cervicouterinas precancerosas y cancerosas de mujeres procedentes de  varias  regiones  del  Ecuador  y  su  relación  con  las  vacunas comerciales”,
  • Proyecto Vigilancia Genómica de SARS-CoV-2. Organización Panamericana de la Salud.
  • Rodríguez, S., Marandino, A., Tomás, G., Panzera, Y., Wallau, G. L., Dezordi, F. Z., … & Pérez, R. (2024). Infection of South American coatis (Nasua nasua) with highly pathogenic avian influenza H5N1 virus displaying mammalian adaptive mutations. Microbial Pathogenesis, 106895. DOI: 1016/j.micpath.2024.106895
  • Patiño, L., Benítez, A. D., Carrazco-Montalvo, A., & Regato-Arrata, M. (2024). Genomics for Arbovirus Surveillance: Considerations for Routine Use in Public Health Laboratories. Viruses, 16(8), 1242. https://doi.org/10.3390/v16081242
  • Mojica, J., Arévalo, V., Juarez, J. G., Galarza, X., Gonzalez, K., Carrazco, A., … & Cevallos, V. (2024). A numbers game: Mosquito-based arbovirus surveillance in two distinct geographic regions of Latin America. bioRxiv.doi:https://doi.org/10.1101/2024.03.15.585246
  • Whole Genome Sequencing of DENV-2 isolated from Aedes aegypti mosquitoes in Esmeraldas, Ecuador. Genomic epidemiology of genotype III Southern Asian-American in the country.” Esta publicación se encuentra publicada como Pre-Print en el siguiente enlace https://doi.org/10.1101/2024.02.06.579255 y se encuentra bajo revisión.
  • CardiOmics signatures reveal therapeutically actionable targets and drugs for cardiovascular diseases. Publicado en enero de 2024 en la revista Heliyon. https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2023.e23682
  • The pharmacoepigenetic paradigm in cancer treatment. Publicado en abril de 2024 en la revista Frontiers in Pharmacology. https://doi.org/10.3389/fphar.2024.1381168
  • Gastric cancer actionable genomic alterations across diverse populations worldwide and pharmacogenomics strategies based on precision oncology. Publicado en mayo de 2024 en la revista Frontiers in Pharmacology. https://doi.org/10.3389/fphar.2024.1373007.
  • Zhingre, A., Bedoya-Pilozo, C., Gutiérrez-Pallo, D., Badano, I., Herrera-Yela, A., Salazar, Z., … & Carrazco-Montalvo, A. (2023). Genetic Variability in the E6/E7 Region of Human Papillomavirus 16 in Women from Ecuador. Viruses, 15(6), 1393. DOI: 10.3390/v15061393
  • Carrazco-Montalvo A, Bruno A, de Mora D, Olmedo M, Garces J, Paez M, Regato-Arrata M, Gonzalez M, Romero J, Mestanza O, Freire-Paspuel B, Gaviria A, Orlando SA, Garcia-Bereguiain MA, Patino L. First Report of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 (Alpha Variant) in Ecuador, January 2021. Infect Drug Resist. 2021 Dec 6;14:5183-5188. doi: 10.2147/IDR.S319439. PMID: 34908852; PMCID: PMC8664343. DOI https://doi.org/10.2147/IDR.S319439
  • Chalen I, Cobo MM, Gutiérrez B, Carrazco-Montalvo A, Ponce P, Cisneros-Heredia DF. The Shortcomings of COVID-19 Testing in Ecuador: Time to Incentivize Research and Innovation. Life (Basel). 2022 Feb 22;12(3):325.https://doi.org/10.3390/life12030325  PMID: 35330076; PMCID: PMC8951684.
  • Carrazco-Montalvo A, Herrera-Yela A, Alarcón-Vallejo D, Gutiérrez-Pallo D, Armendáriz-Castillo I, Andrade-Molina D, Muñoz-Mawyin K, Fernández-Cadena JC, Morey-León G, Usfq-Covid-Consortium, Crn Influenza Y Ovr-Inspi, Patiño L. Omicron Sub-Lineages (BA.1.1.529 + BA.*) Current Status in Ecuador. Viruses. 2022 May 28;14(6):1177. doi: 10.3390/v14061177. PMID: 35746651; PMCID: PMC9230377.
  • Carrazco-Montalvo A, Ponce P, Villota SD, Quentin E, Muñoz-Tobar S, Coloma J, Cevallos V. Establishment, Genetic Diversity, and Habitat Suitability of Aedes albopictusPopulations from Ecuador. Insects 2022 Mar 19;13(3):305. DOI: https://doi.org/10.3390/insects13030305 PMID: 35323603; PMCID: PMC8950245.
  • Carrazco-Montalvo, A.; Armendáriz-Castillo, I; Tello, C; Morales, D; Armas-Gonzalez, R; Guizado-Herrera, D; León-Sosa, A; Ramos-Sarmiento, D; Fuertes, B.; Cárdenas, P; Márquez, S.; Patino, L. First detection of SARS-CoV-2 variant B.1.1.529 (Omicron) in Ecuador, New Microbes and New Infections, Volume 45. doi: https://doi.org/10.1016/j.nmni.2022.100951.

acarrazco@inspi.gob.ec

Región Zona Norte
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Quito – Ecuador